近期,國家疾控傳染病防控領域的專家在China CDC Weekly雜志發(fā)表國家致病菌識別網(wǎng)(China Pin)專題系列文章,通過六篇分析文章和應用報告,系統(tǒng)介紹了國家致病菌識別網(wǎng)的功能和使命。其中高通量測序技術對于識別網(wǎng)的功能實現(xiàn),發(fā)揮了非常重要的作用。中國疾控中心傳染病預防控制所闞飆所長在??拈_篇前言文章中提到:“基因組測序技術的逐步應用,為病原體基因/基因組的檢測和比對提供了海量的序列數(shù)據(jù),微生物大數(shù)據(jù)時代已經(jīng)到來!”。
傳染性疾病監(jiān)測可有效防止病原微生物的傳入和傳出,早期預警可有效應對突發(fā)公共衛(wèi)生事件,做到早識別、早防控,為降低患病率、死亡率提供基礎保障。傳染病監(jiān)測系統(tǒng)獲得良好發(fā)展后,將增強對傳染病暴發(fā)的早期察覺能力、早期識別能力,提高公共衛(wèi)生信息資源的共享質(zhì)量。
COVID-19 疫情等感染性疾病的新發(fā)、再發(fā),對病原微生物診斷的準確性、實效性提出了更高要求。盡管高通量測序技術(也稱下一代測序技術,NGS)技術起步晚、價格貴、普及度低,但具有高通量、高精度、快速等突出優(yōu)勢,未來應用前景廣闊。
其中,基于NGS鑒別病原微生物的主要方法有兩種,分別是宏基因組測序(metagenomic NGS,mNGS)和靶向測序(targeted NGS, tNGS)。
近年來,隨著越來越多的臨床研究和專家共識的發(fā)表,病原宏基因組高通量測序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)技術在疑難、罕見感染性疾病診斷中的地位日益顯著。
而相比廣撒網(wǎng)、全捕獲的mNGS技術,tNGS通過降低檢測目標病原微生物數(shù)量,重點聚焦臨床常見病原微生物,并通過特異性擴增排除人源核酸片段對檢測靈敏度的影響,使得NGS病原檢測更貼合臨床常見病原種類相對固定、敏感性特異性要求高、檢測成本控制要求高的實際需求。
此外,納米孔測序技術(Nanopore)憑借其長度長、便攜、無需樣本擴增及實時測序等優(yōu)勢,使得檢測時間相較NGS大幅下降,更進一步滿足感染性疾病病原微生物檢測對于檢測時效性的高要求。
測序技術的進步為病原微生物檢測帶來更多的選擇,但多種測序方法也意味著多種建庫策略,建庫的成功與否直接影響到測序質(zhì)量,對操作人員的專業(yè)化要求高,需要經(jīng)過系統(tǒng)培訓和長期實踐操作,不僅費時費力,且存在樣本污染、文庫質(zhì)量不穩(wěn)定等問題。
耐優(yōu)生物EASY NGS PRE-SYSTEM全自動文庫制備系統(tǒng)應市場需求而生,為mNGS病原體檢測、tNGS、Nanopore等相關建庫實驗提供強有力的自動化解決方案。
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